Por padrão, o cPanel/WHM possui instalado a versão 4.1 do MySQL.
Antes de realizar o upgrade, tenha em mente que após a atualização para a versão 5, torna-se irreversível voltar à versão 4.1
Para realizar o upgrade do MySQL, siga os passos abaixo:
1. No WHM, menu Server Configuration, clique na opção Tweak Settings
2. No tópico MySQ, selecione a versão desejada (neste caso, 5.0).
Marque o checkbox “Use old style (4.0) passwords with mySQL 4.1+ (required if you have problems with php apps authenticating)”, caso você tenha alguma aplicação que utilize autenticação pela método antigo de criptografia do MySQL.
3. Vá até o final da página e clique em Save. A versão 5.0 no MySQL será instalada.